引物是怎么设计的，引物是怎么设计的图片
如何进行引物设计?
1、引物最好在模板cDNA的保守区内设计。引物长度一般在15-30碱基之间。引物GC含量在40%-60%之间，Tm值最好接近72℃。引物3′端要避开密码子的第3位。引物3′端不能选择A，最好选择T。
2、引物5’端可以修饰。引物5’端序列对PCR影响不太大，因此常用来引进修饰位点或标记物。验证引物的特异性：在“Primer Pair Specificity Checking Parameters”区，选择设计引物或验证引物时的目标数据库和物种。
3、序列特异性：引物设计完毕请使用 NCBI BLAST功能检索引物特异性，以避免非特异性扩增产生。注意： PCR的产量通常取决于PCR引物的3’端，引物间形成二聚体会降低扩增效率。
4、至少要在55-80℃之间，Tm值曲线以选取72度附近为佳，5到 3’的下降形状也有利于引物与模板的结合；引物之间：两个引物之间不应有多于4个的互补或同源碱基，不然会形成引物二聚体，尤应避免3’端的互补重叠。
5、引物的长度一般为15-30bp，常用的是18-27bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于TaqDNA聚合酶进行反应。
6、引物5撇端可以修饰。引物3撇端不可修饰。引物3撇端要避开密码子的第3位。引物设计需要注意的地方很多，在大多数情况下，我们都是在知道已知模板序列时进行PCR扩增的。
引物的设计原则
引物设计有3条基本原则：引物与模板的序列要紧密互补。引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构。再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应（即错配）。
引物设计原则是：引物长度一般为15-30bp，常用的为18-27bp，但不能大于38bp。引物GC含量一般为40%-60%，以45-55%为宜，上下游引物GC含量和Tm值要保持接近。
引物设计有 3 条基本原则：首先引物与模板的序列要紧密互补，其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构，再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应（即错配）。
首先引物与模板的序列要紧密互补。其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构。再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应即错配。
引物设计原则 长度：15—30bp，其有效长度[Ln=2（G十C）十（A十T）]一般不大于38，否则PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度（74度），从而降低产物的特异性。
原则：①引物长度一般为15-27 bp，最适为18-22bp（注意此处所指的长度是结合到模板的长度，不包括5端加修饰后的长度），过长会导致延伸温度大于74℃，不适于TaqDNA聚合酶进行反应。
如何设计引物?
1、引物5’端可以修饰。引物5’端序列对PCR影响不太大，因此常用来引进修饰位点或标记物。验证引物的特异性：在“Primer Pair Specificity Checking Parameters”区，选择设计引物或验证引物时的目标数据库和物种。
2、特异性：引物最好在模板cDNA的保守区内设计。引物应与核酸序列数据库的其他序列无明显同源性，不应有连续8个碱基与待扩增区外序列完全互补。可对其进行BLAST检测进行验证。
3、引物末端： 引物3’端最后一个碱基最好为G或者C；引物 3’端应避免出现发夹结构。 引物G+C：含量 引物的GC含量控制在40%-60%之间。
4、引物之间：两个引物之间不应有多于4个的互补或同源碱基，不然会形成引物二聚体，尤应避免3’端的互补重叠。上下游引物的互补性：一个引物的3‘末端序列不允许结合到另一个引物的任何位点上。
5、至少要在55-80℃之间，Tm值曲线以选取72度附近为佳，5到 3’的下降形状也有利于引物与模板的结合；引物之间：两个引物之间不应有多于4个的互补或同源碱基，不然会形成引物二聚体，尤应避免3’端的互补重叠。
6、引物设计的实质：一小段单链DNA或RNA，在核酸合成反应时，作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链。
